Audit zdravotnictví si vyžádala Evropská komise v červenci 2013. Identifikovala totiž závažná rizika týkající se transparentního a hospodárného vynakládání finančních prostředků z fondů EU na pořízení zdravotnické techniky. Stejně tak studie Evropské komise o korupci v oblasti zdravotnictví z října 2013 obsahuje závažné informace o stavu zdravotnictví v ČR a mimo jiné identifikuje korupční jednání.
Kvůli těmto rizikům a podezřením je v současné době Integrovaný operační program v oblasti zdravotnictví ze strany Evropské komise pozastaven. Provedení a dokončení auditu je nezbytné pro obnovení čerpání prostředků z fondů EU. To znamená, že tok peněz z EU neohrožuje Ministerstvo financí, ale právě podezření z netransparentního čerpání prostředků z EU. Metodika k mimořádnému auditu byla projednána a schválena zástupci Evropské komise. Auditní orgán MF se zpovídá přímo Evropské komisi.
Ověřit riziko a podezření
Cílem auditu bylo mimo jiné ověřit riziko a podezření Evropské komise ohledně možné předraženosti pořizované zdravotnické techniky a dodržení postupů pro zadávání veřejných zakázek. Všechny audity jsou nyní v tzv. kontradiktorním řízení, kdy auditované subjekty obdržely návrhy zpráv z auditu a měly by k těmto návrhů zpráv poslat svá stanoviska. To znamená, že audit nebyl dosud dokončen. Není pravda, že by byly osoby provádějící audit neznámé, jak uvádí někteří ředitelé nemocnic a ministr zdravotnictví. Jména členů auditních týmů včetně expertů na jednotlivé oblasti byla sdělena regionálním radám, MMR i Ministerstvu zdravotnictví, tedy panu ministrovi Svatoplukovi Němečkovi. A mimo jiné i ROP Jihovýchod, reprezentovaným panem poslancem a hejtmanem MUDr. Jiřím Běhounkem. Všechny auditované subjekty tak byly informovány o složení auditních týmů a osob, které se na auditu podílejí.
Zásah do činnosti formou zpochybňování
Současný ministr zdravotnictví Svatopluk Němeček byl v případě auditovaných projektů příjemce FN Ostrava v pozici statutárního zástupce této nemocnice a tudíž byl odpovědný za realizaci daných projektů. Zásah do činnosti Auditního orgánu formou zpochybňování auditních postupů, nezávislosti a jeho objektivity je nepřípustné, zvláště pak osobami, které měly zodpovědnost za řízení a realizaci jak na úrovni operačních programů, tak na úrovni financovaných projektů, které jsou předmětem probíhajícího auditu.