Údaje uvedené v daňovém přiznání správce daně prověřuje v rámci tzv. postupu k odstranění pochybností (§§ 89 a 90 daňového řádu). Tento institut je oproti dřívější úpravě v zákoně o správě daní a poplatků (vytýkací řízení) propracovanější a stanoví určitou posloupnost kroků, které je správce daně povinen činit, včetně případného zahájení daňové kontroly k detailnímu prověření určitých sporných položek v daňovém přiznání. Avšak ani tato legislativní úprava není s to efektivně zabránit možnému neodůvodněnému protahování postupu ze strany správce daně a s tím spojeným zadržováním nadměrných odpočtů. K 1. lednu 2011 byl navíc také zrušen pokyn ministerstva financí D-144, který ukládal finančním úřadům poměrně striktní lhůty k uzavření vytýkacího řízení.
Po necelých dvou letech uplatňování institutu postupu k odstranění pochybností se Nejvyšší správní soud v několika svých nedávných rozhodnutích vyjádřil k možnostem právní obrany proti zdlouhavému prověřování nadměrných odpočtů. V těchto rozhodnutích (například rozsudek 1 Ans 10/2012 ze dne 10. října 2012 a rozsudek 1 Ans 11/2012 ze dne 7. listopadu 2012) revidoval Nejvyšší správní soud s ohledem na novou právní úpravu (nahrazení institutu vytýkacího řízení institutem postupu k odstranění pochybností) závěry své předchozí judikatury. V podmínkách nového institutu postupu k odstranění pochybností nelze podle názoru soudu využít žalobu na ochranu proti nečinnosti správního orgánu. Proti provádění postupu k odstranění pochybností se obecně nelze bránit ani žalobou na ochranu před nezákonným zásahem. Jedinou možností soudní obrany tak zůstává žaloba proti rozhodnutí o stanovení daně, které po postupu k odstranění pochybností a po případné navazující dílčí daňové kontrole následuje. Tato žaloba však připadá v úvahu pouze tehdy, napadne-li plátce nezákonnost tohoto rozhodnutí. Je-li však výsledkem postupu platební výměr, který zcela reflektuje údaje uvedené plátcem v daňovém přiznání a plátce se tak „pouze“ cítí poškozen délkou trvání tohoto postupu, nelze ani institut žaloby proti rozhodnutí použít. Dosavadní soudní praxe zatím nepodpořila ani žaloby, na jejichž základě plátci po daňové správě nárokovali úrok z prodlení za dobu zadržovaní nadměrných odpočtů.
I přes výše uvedené jsou však k dispozici určité právní kroky, které lze k obraně před zdlouhavým postupem k odstranění pochybností využít. Vedle aktivní účasti plátce na řízení a průběžné komunikace se správcem daně je ve stanovených případech možno využít institut podnětu na ochranu před nečinností podle § 38 daňového řádu. Takový podnět může alespoň částečně pomoci motivovat správce daně k urychlenému ukončení řízení. Pokud je celkový nadměrný odpočet vysoký, avšak mezi plátcem a správcem daně jsou sporné jen některé méně významné položky, lze ve snaze o urychlení vyměření daně a vrácení nadměrného odpočtu rovněž zvážit upuštění od dokazování v rámci postupu k odstranění pochybností. Správci daně se tak ponechá prostor k vyměření nižšího nadměrného odpočtu s tím, že zohlednění sporných položek bude plátce požadovat až následně v rámci odvolání proti platebnímu výměru.
Zdroj: KPMG
